Müsli und seine trockenen Zutaten bleiben am längsten frisch, wenn sie in einem dicht schließenden Behälter an einem kühlen, trockenen und möglichst dunklen Ort aufbewahrt werden. Feuchtigkeit ist der größte Feind, da sie Flocken weich werden lässt und die Grundlage für Schimmelbildung schaffen kann, weshalb Küche und Speisekammer besser geeignet sind als Orte in der Nähe von Herd oder Spüle.
Fetthaltige Zutaten wie Nüsse, Samen und Kokoschips reagieren empfindlicher auf Wärme und Licht als reine Getreideflocken und können bei falscher Lagerung ranzig werden, was sich an einem leicht bitteren oder muffigen Geruch zeigt. Wer größere Vorräte anlegt, profitiert von kleineren, immer wieder frisch befüllten Behältern statt einer einzigen großen, häufig geöffneten Packung. Praktisch bewährt sich dafür luftdichtes Glas oder Kunststoff mit gutem Verschluss, während die Originalverpackung von Flocken oder Nüssen nach dem Öffnen meist nicht mehr ausreichend dicht schließt, um Feuchtigkeit zuverlässig fernzuhalten.
Eine ausführliche Anleitung mit konkreten Tipps bietet der Beitrag Müsli lagern und Haltbarkeit. Zum Zusammenhang mit dem Haltbarkeitsdatum mehr im Eintrag Mindesthaltbarkeitsdatum, zu empfindlichen Fetten im Eintrag Nussmischung.
