Allergene sind bestimmte Stoffe oder Zutaten, die bei empfindlichen Personen eine allergische Reaktion auslösen können. In der EU müssen 14 Hauptallergengruppen auf verpackten Lebensmitteln klar hervorgehoben werden, sobald sie enthalten sind. Für Müsli relevant sind vor allem glutenhaltiges Getreide, Schalenfrüchte wie Nüsse, Soja, Milch und teilweise Sesam.
Auf Verpackungen werden diese Zutaten meist in der Zutatenliste fett oder in Großbuchstaben hervorgehoben, sodass sie leicht zu erkennen sind. Wer selbst Müsli mischt, sollte bei mehreren Zutaten aus verschiedenen Packungen jede einzelne Zutatenliste prüfen, da sich enthaltene Allergene je nach Hersteller und Charge unterscheiden können, selbst bei ähnlich klingenden Produkten. Bei loser Ware ohne Verpackung, etwa an Verkaufsständen, gelten in der EU ebenfalls Kennzeichnungspflichten für die enthaltenen Allergene, auch wenn die Angabe dort häufig mündlich oder über eine Aushangliste erfolgt statt gedruckt.
Von der verpflichtenden Kennzeichnung tatsächlich enthaltener Allergene zu unterscheiden ist der freiwillige Spurenhinweis für mögliche Verunreinigungen. Zu glutenfreien Alternativen mehr im Eintrag Glutenfrei, praktische Hinweise bietet der Beitrag Glutenfreies Müsli.
